Подбор шин и дисков для автомобиля Skoda Rapid 1.6i NH 2018 снижает риск возникновения проблем из-за ошибок, допущенных автовладельцами при их самостоятельном выборе. Зачастую это вызвано отсутствием необходимых знаний, как правило, об их технических характеристиках. Именно по этой причине не только усложняется установка шин и колесных дисков, но и многие узлы подвески и рулевого управления начинают работать под более значительной нагрузке. Автоматизированная система подбора колесных дисков и шин, применяемая на сайте интернет-магазина «Мосавтошина», содержит массу технических характеристик практически обо всех современных грузовых и легковых автомобилей. Чтобы воспользоваться всеми ее преимуществами достаточно указать название их производителя, модель, год выпуска и модификацию транспортного средства.

Размеры шин и дисков для Skoda Rapid

Модель: Модель Fabia Fabia Scout Felicia Felicia Fun Kamiq Karoq Kodiaq Kodiaq Scout Octavia Octavia RS Octavia Scout Praktik Rapid Roomster Roomster Scout Scala Superb Yeti Yeti Outdoor

Модификация: Модификация1. 2 MPI1.2 TSI1.4 TSI1.6 MPI1.6 MPI (110hp)1.6 MPI (90hp)

Год: Год201220132014201520162017201820192020202120222023

Кузов: КузовNH Liftback

Платформа отображения поверхности дрожжей для быстрого обнаружения конформационно-селективных нанотел

• Технический отчет
• Опубликовано: 12 февраля 2018 г.

• Конор МакМахон ¹ ,
• Александр С. Байер ORCID: orcid. org/0000-0003-1647-9477 ¹ ,
• Роберта Пасколутти ¹ ,
• Марчин Вегрецки ОРЦИД: orcid.org/0000-0002-3275-9850 ² ,
• Sanduo Zheng ¹ ,
• Janice X. Ong ¹ ,
• Sarah C. Erlandson ¹ ,
• Daniel Hilger ³ ,

Природа Структурная и молекулярная биология том 25 , страницы 289–296 (2018)Процитировать эту статью

• 49 тыс. обращений

• 213 цитат

• 190 Альтметрический

• Сведения о показателях

Предметы

• Мембранные белки
• Структурная биология

Abstract

Однодоменные фрагменты антител верблюдовых («нанотела») обеспечивают замечательную специфичность антител в пределах одного иммуноглобулина 15 кДа V _ЧХ домен. Эта уникальная особенность позволила использовать их в самых разных областях: от использования в качестве биохимических инструментов до терапевтических средств. Нанотела стали особенно полезными инструментами в структурной биологии белков, облегчая исследования конформационно-динамических белков, таких как рецепторы, связанные с G-белком (GPCR). Почти все нанотела, доступные на сегодняшний день, были получены путем иммунизации животных, что является узким местом, ограничивающим многие применения этой технологии. Чтобы решить эту проблему, мы сообщаем о платформе полностью in vitro для обнаружения нанотел на основе отображения поверхности дрожжей. Мы предоставляем план для идентификации нанотел, демонстрируем полезность библиотеки путем кристаллизации нанотела с его антигеном, и, что наиболее важно, мы используем платформу для обнаружения конформационно-селективных нанотел по отношению к двум различным GPCR человека. Чтобы облегчить широкое развертывание этой платформы, библиотека и связанные с ней протоколы находятся в свободном доступе для некоммерческих исследований.

Это предварительный просмотр содержимого подписки, доступ через ваше учреждение

Соответствующие статьи

Статьи открытого доступа со ссылками на эту статью.

• Молекулярный механизм распознавания субстрата переносчиком фолиевой кислоты SLC19A1

  • Ю Данг
  • , Дун Чжоу
  •  … Чжэ Чжан

  Обнаружение клеток Открытый доступ 28 декабря 2022 г.

• Метод in silico для оценки полиреактивности фрагментов антител

  • Эдвард П. Харви
  • , Юнг-Юн Шин
  •  … Эндрю К. Круз

  Связь с природой Открытый доступ 07 декабря 2022 г.

• Специфическое для фибрилл α-синуклеина нанотело снижает распространение прионоподобного α-синуклеина у мышей

  • Йемайма Р. Батлер
  • , Юйцин Лю
  •  … Вэньцзин Ван

  Связь с природой Открытый доступ 19 июля 2022 г.

Варианты доступа

Подписаться на журнал

Получить полный доступ к журналу на 1 год

99,00 €

всего 8,25 € за выпуск

Подписаться

Расчет налогов будет завершен во время оформления заказа.

Купить статью

Получите ограниченный по времени или полный доступ к статье на ReadCube.

32,00 $

Купить

Все цены указаны без учета стоимости.

Рис. 2: Валидация платформы нанотел с использованием HSA в качестве целевого антигена.

Ссылки

1. Hamers-Casterman, C. et al. Встречающиеся в природе антитела, лишенные легких цепей. Природа 363 , 446–448 (1993).

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

2. Muyldermans, S. Нанотела: природные однодоменные антитела. Анну. Преподобный Биохим. 82 , 775–797 (2013).

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

3. Ираннежад, Р. и др. Конформационные биосенсоры выявляют передачу сигналов GPCR от эндосом. Природа 495 , 534–538 (2013).

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

4. Расмуссен С.Г. и др. Структура стабилизированного нанотелом активного состояния β(2)-адренорецептора. Природа 469 , 175–180 (2011).

   Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

5. Staus, D. P. et al. Аллостерические нанотела раскрывают динамический диапазон и разнообразные механизмы активации рецепторов, связанных с G-белком. Природа 535 , 448–452 (2016).

   Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

6. Манглик А., Кобилка Б.К. и Стейарт Дж. Нанотела для изучения структуры и функции рецептора, связанного с G-белком. Анну. Преподобный Фармакол. Токсикол. 57 , 19–37 (2017).

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

7. «>

   Мутель, С. и др. NaLi-h2: универсальная синтетическая библиотека гуманизированных нанотел, обеспечивающая высокофункциональные антитела и интратела. eLife 5 , e16228 (2016).

   Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

8. Гао, Дж., Сидху, С.С. и Уэллс, Дж.А. Отбор конформационно-специфических антител с двумя состояниями. Проц. Натл. акад. науч. США 106 , 3071–3076 (2009 г.).

   Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

9. Ризк, С. С. и др. Аллостерический контроль сродства связывания лиганда с использованием сконструированных конформационно-специфических эффекторных белков. Нац. Структура Мол. биол. 18 , 437–442 (2011).

   Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

10. «>

    Адамс, Дж. Дж. и Сидху, С. С. Технологии синтетических антител. Курс. мнение Структура биол. 24 , 1–9 (2014).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

11. Каюшин А., Коростелева М., Мирошников А. Крупномасштабное твердофазное получение 3′-незащищенных тринуклеотидных фосфотриэфиров – прекурсоров для синтеза тринуклеотидных фосфорамидитов. Нуклеозиды Нуклеотиды Нуклеиновые кислоты 19 , 1967–1976 (2000).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

12. Каюшин А.Л. и др. Удобный подход к синтезу тринуклеотидных фосфорамидитов-синтонов для создания библиотек олигонуклеотидов/пептидов. Nucleic Acids Res 24 , 3748–3755 (1996).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

13. «>

    Бодер, Э. Т. и Виттруп, К. Д. Дисплей поверхности дрожжей для скрининга комбинаторных полипептидных библиотек. Нац. Биотехнолог. 15 , 553–557 (1997).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

14. Kruse, A.C. et al. Активация и аллостерическая модуляция мускаринового ацетилхолинового рецептора. Природа 504 , 101–106 (2013).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

15. Ракестроу, Дж. А., Сазински, С. Л., Пиатеси, А., Антипов, Э. и Виттруп, К. Д. Направленная эволюция секреторного лидера для улучшенной экспрессии гетерологичных белков и полноразмерных антител в Saccharomyces cerevisiae . Биотехнология. биоинж. 103 , 1192–1201 (2009).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

16. «>

    Орлеан, П. Архитектура и биосинтез Saccharomyces cerevisiae клеточная стенка. Генетика 192 , 775–818 (2012).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

17. Makrides, S.C. et al. Увеличенный период полураспада in vivo человеческого растворимого рецептора комплемента типа 1, слитого с рецептором, связывающим сывороточный альбумин. J. Pharmacol. Эксп. тер. 277 , 534–542 (1996).

    КАС пабмед Google Scholar

18. Ван Рой, М. и др. Доклиническая фармакология нанотела ALX-0061 с высоким сродством к IL-6R поддерживает его клиническую разработку при ревматоидном артрите. Рез. артрита. тер. 17 , 135 (2015).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

19. «>

    Тижинк Б.М. и др. Улучшенное нацеливание на нанотела рецептора антиэпидермального фактора роста путем связывания с альбумином: использование преимуществ модульной технологии нанотел. Мол. Рак Тер. 7 , 2288–2297 (2008).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

20. Kim, C.C., Wilson, E.B. & DeRisi, J.L. Улучшенные методы магнитной очистки малярийных паразитов и гемозоина. Малар. J. 9 , 17 (2010).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

21. Расмуссен С.Г. и соавт. Кристаллическая структура комплекса β ₂ адренергический рецептор-Gs-белок. Природа 477 , 549–555 (2011).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

22. Ринг, А. М. и др. Активируемая адреналином структура β ₂ -адренорецептора, стабилизированная сконструированным нанотелом. Природа 502 , 575–579 (2013).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

23. Манглик, А. и Кобилка, Б. Роль динамики белка в функции GPCR: выводы из β ₂ AR и родопсина. Курс. мнение Клеточная биол. 27 , 136–143 (2014).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

24. Rosenbaum, D.M. et al. Структура и функция комплекса необратимый агонист-β(2)-адренорецептор. Природа 469 , 236–240 (2011).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

25. Staus, D. P. et al. Регуляция функции β2-адренорецепторов конформационно-селективными однодоменными интрателами. Мол. Фармакол. 85 , 472–481 (2014).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

26. Виджаян, Д., Янг, А., Тенг, М. В. Л. и Смит, М. Дж. Нацеливание на иммуносупрессивный аденозин при раке. Нац. Преподобный Рак 17 , 709–724 (2017).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

27. Хино, Т. и др. Инактивация рецептора, связанного с G-белком, аллостерическим антителом обратного агониста. Природа 482 , 237–240 (2012).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

28. Weiskopf, K. et al. Разработаны варианты SIRPα в качестве иммунотерапевтических адъювантов к противоопухолевым антителам. Наука 341 , 88–91 (2013).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

29. «>

    Манглик А. и др. Структурное понимание динамического процесса передачи сигналов β2-адренергических рецепторов. Cell 161 , 1101–1111 (2015).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

30. Zou, Y., Weis, W. I. & Kobilka, B. K. Слияние N-концевого лизоцима T4 облегчает кристаллизацию рецептора, связанного с G-белком. PLoS One 7 , e46039 (2012 г.).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

31. Jaakola, V. P. et al. Кристаллическая структура рецептора аденозина A2A человека, связанного с антагонистом, с размером волны 2,6 ангстрем. Наука 322 , 1211–1217 (2008).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

32. Уортон, М. Р. и др. Мономерный рецептор, связанный с G-белком, изолированный в частице липопротеина высокой плотности, эффективно активирует свой G-белок. Проц. Натл. акад. науч. США 104 , 7682–7687 (2007 г.).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

33. Liberles, S.D. & Buck, L.B. Второй класс хемосенсорных рецепторов в обонятельном эпителии. Природа 442 , 645–650 (2006).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

34. Кэффри М. и Черезов В. Кристаллизация мембранных белков с использованием липидных мезофаз. Нац. протокол 4 , 706–731 (2009).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

35. Hein, K.L. et al. Кристаллографический анализ выявляет уникальный сайт связывания лидокаина на сывороточном альбумине человека. Дж. Структура. биол. 171 , 353–360 (2010).

    Артикул КАС пабмед Google Scholar

36. Эмсли П. и Коутан К. Кут: инструменты построения моделей для молекулярной графики. Acta Кристаллогр. Д биол. Crystallogr 60 , 2126–2132 (2004).

    Артикул пабмед Google Scholar

37. Адамс, П. Д. и др. PHENIX: комплексная система на основе Python для решения макромолекулярной структуры. Акта Кристаллогр. Д биол. Crystallogr 66 , 213–221 (2010).

    Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

Загрузить ссылки

Благодарности

Финансовая поддержка для этой работы была предоставлена ​​Фондом Валле (ACK), Фондом семьи Смит (A.C.K.), грантами Национального института здравоохранения 5DP5OD021345 (A. C.K.), 1DP5OD023048) и (A.M.M. 1DP5OD023088 (AMR), Фонд Лундбек (грант № R37-A3457 для SGFR) и Датский независимый исследовательский совет (грант № 0602-02407B для SGFR).

Информация об авторе

Авторы и организации

1. Кафедра биологической химии и молекулярной фармакологии, Гарвардская медицинская школа, Бостон, Массачусетс, США , Sarah C. Erlandson & Andrew C. Kruse

2. Кафедра неврологии Копенгагенского университета, Копенгаген, Дания

   Marcin Wegrecki & Søren G. F. Rasmussen

3. Кафедра молекулярной и клеточной физиологии Стэнфордского университета, Стэнфорд, Калифорния, США

   Daniel Hilger

4. Кафедра иммунобиологии, Йельская школа медицины, Нью-Хейвен, Коннектикут, США

   Аарон М. Ринг 7 7

   Аарон М. Ринг

   Кафедра фармацевтической химии, Калифорнийский университет, Сан-Франциско, Сан-Франциско, Калифорния, США

   Аашиш Манглик

5. Кафедра анестезии и периоперационного ухода, Калифорнийский университет, Сан-Франциско, Сан-Франциско, Калифорния, США

   Аашиш Манглик

Авторы

1. Conor McMahon

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

2. Александр С. Байер

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

3. Roberta Pascolutti

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия

4. Marcin Wegrecki

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

5. Sanduo Zheng

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

6. Janice X. Ong

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

7. Sarah C. Erlandson

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

8. Daniel Hilger

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

9. Søren G. F. Rasmussen

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

10. Аарон М. Ринг

    Просмотр публикаций автора

    Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

11. Aashish Manglik

    Просмотр публикаций автора

    Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

12. Andrew C. Kruse

    Просмотр публикаций автора

    Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

Вклады

А.К.К., А.М. и К.М. разработал и создал библиотеку нанотел. C.M., A.S.B. и A.C.K. осуществляется контроль качества библиотеки. К.М., Р.П., С.З., Дж.Х.О., Д.Х. и А.М. приготовленные антигены, проведенные отборы и изолированные связывающие нанотела. C.M., R.P. и S.C.E. охарактеризованные нанотела. А.М.Р., А.М. и А.К.К. разработали модифицированную систему дрожжевого дисплея и связанные векторы экспрессии. M.W. и S.G.F.R. очищенный рецептор аденозина A2A. C.M., A.M. и A.C.K. написал рукопись при содействии и участии всех соавторов.

Авторы переписки

Переписка с Аашиш Манглик или Эндрю К. Круз.

Декларация этики

Конкурирующие интересы

Авторы не заявляют о конкурирующих финансовых интересах.

Дополнительная информация

Примечание издателя: Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и ​​институциональной принадлежности.

Интегрированная дополнительная информация

Дополнительный рисунок 1 Биохимическая проверка клонов нанотел

(a–k ) Произвольно выбранные нанотела были экспрессированы и очищены из E. coli , затем проанализированы методом эксклюзионной хроматографии для оценки монодисперсности. ( l ) SDS-PAGE анализ чистоты нанотел после одностадийной аффинной очистки никеля.

Дополнительный рисунок 2 Дизайн системы отображения

( a ) Система отображения была разработана с использованием высокоаффинного варианта SIRPα CV1 в качестве тестируемого белка и его лигандного эктодомена CD47 в качестве окрашивающего реагента. Биотиновая метка схематически представлена ​​в виде светящегося красного круга. ( b ) Длина области ножки определяет доступность отображаемого белка в зависимости от молекулярной массы. ( c ) Графики аналитической проточной цитометрии, показывающие зависимость от длины для двух окрашивающих реагентов: биотина CD47 и антитела α-HA. Длинный стебель из 649 аминокислот использовался во всех экспериментах по отображению нанотел.

Дополнительный рисунок 3 Анализ нанотел, нацеленных на HSA

( a ) Дизайн библиотеки оценивали путем мониторинга изменения частоты аминокислот в CDR3 на протяжении раундов селекции с HSA в качестве антигена. Наблюдались незначительные изменения, с единственной заметной тенденцией умеренного увеличения частоты основного остатка и снижения частоты кислотного остатка. ( b ) Оценка связывания Nb.b201 с сывороточным альбумином человека с помощью поверхностного плазмонного резонанса, сравнение с мышиным сывороточным альбумином, который не показывает обнаруживаемого связывания. ( c ) Составная карта 2Fo-Fc с пропуском контура 1,5 σ для связанного с антигеном Nb.b201. Показана структура как связанной (желтый), так и свободной (серый) форм нанотела, подчеркивая структурное расхождение. ( d ) Составная карта 2Fo-Fc с опущением, контурированная при 1,5 σ для свободного Nb.b201.

Дополнительный рисунок 4 Открытие нанотел с неочищенным антигеном

( a ) Для селекции нанотел использовали кондиционированную среду, содержащую адипонектин (левая полоса). Он показывает сложную смесь белков по оценке SDS-PAGE. Для справки: очищенный адипонектин показан на правой дорожке. Адипонектин существует в виде смеси 16-меров, гексамеров и тримеров. ( b ) Схема процесса отбора. Флуоресцентное антитело против FLAG использовали для специфической маркировки тех дрожжевых клеток, которые демонстрируют связывающие адипонектин нанотела. ( c ) Проточный цитометрический анализ конечного пула клонов, показывающий, что библиотека была сильно обогащена адипонектин-связывающими клонами. ( d ) Последовательности пяти выбранных клонов показали сильно различающиеся по составу и длине последовательности CDR3. ( e ) Связывание оценивали с использованием in vitro pull-down с очищенным глобулярным доменом адипонектина. ( f ) Связывание с адипонектином было дополнительно подтверждено in vitro с использованием поверхностного плазмонного резонанса. Кинетическая подгонка показана для клона Nb.AQ103.

Дополнительный рисунок 5. Сродство β

Титрование на дрожжах для оценки сродства β ₂ AR-связывающие нанотела. Значения EC50 приведены в правом нижнем углу. Нижняя панель показывает измерение конформационной селективности для выбранных клонов, оцененное с помощью проточной цитометрии.

Дополнительная информация

Дополнительный текст и рисунки

Дополнительные рисунки 1–5, Дополнительные таблицы 1 и 2 и дополнительная примечание 1

ОТЧЕТНЫ0067

Об этой статье

Эту статью цитирует

• Структурный дизайн и создание библиотеки синтетических фаговых дисплеев нанотел

  • Эрнесто Морено
  • Марио С. Вальдес-Трезанко
  • Олиберто Санчес-Рамос

  Исследовательские заметки BMC (2022)

• eIF4E2-GSK3β млекопитающих поддерживает базальное фосфорилирование p53, чтобы противостоять старению в условиях гипоксии

  • Лэй Сун
  • Хэ Ян
  • Мин Чжан

  Гибель клеток и болезни (2022)

• Коэволюция взаимодействующих белков посредством бесконтактных и неспецифических мутаций

  • Дэвид Динг
  • Анна Г. Грин
  • Майкл Т. Лауб

  Природа Экология и эволюция (2022)

• Структура и механизм переносчиков глюкозы семейства SGLT

  • Лэй Хань
  • Цяньхуэй Цюй
  • Лян Фэн

  Природа (2022)

• Метод in silico для оценки полиреактивности фрагментов антител

  • Эдвард П. Харви
  • Юнг-Юн Шин
  • Эндрю К. Круз

  Nature Communications (2022)

Результаты быстрой оценки зрелости ДНК 2018 года

. 2020 май; 65 (3): 953-959.

дои: 10.1111/1556-4029.14267. Epub 2020 27 января.

Эрика Л. Ромсос ¹ , Джули Л. Френч ² , Марк Смит ³ , Винсент Фигарелли ³ , Фредерик Харран ⁴ , Гленн Вандегрифт ⁴ , Лилиана I Морено ⁵ , Томас Ф. Каллаган ⁵ , Джоани Брокато ⁶ , Джанаки Вайдьянатан ⁶ , Хуан С. Педросо ⁷ , Андреа Эми ⁷ , Стефани Стойлофф ⁸ , Виктор Х. Морилло ⁸ , Карина Четырко ⁸ , Элизабет Д Джонсон ⁹ , Джессика де Тагиос ⁹ , Эшли Мюррей ⁹ , Питер М. Валлоне ¹

Принадлежности

• ¹ Группа прикладной генетики, Национальный институт стандартов и технологий, 100 Bureau Drive, Gaithersburg, MD, 20899-8314.
• ² Корпорация ANDE, 266 Second Avenue, Waltham, MA, 02451.
• ³ Департамент общественной безопасности Аризоны, 2102 West Encanto Blvd, Phoenix, AZ, 85009.
• ⁴ Полицейское управление городка Бенсалем, 2400 Byberry Road, Bensalem, PA, 19020.
• ⁵ Лаборатория Федерального бюро расследований, 2501 Investigation Parkway, Quantico, VA, 22135.
• ⁶ Криминальная лаборатория полиции штата Луизиана, 376 East Airport Drive, Baton Rouge, LA, 70806.
• ⁷ Департамент полиции Майами-Бич, 1100 Washington Ave, Miami Beach, FL, 33139.
• ⁸ Полиция Майами-Дейд, Бюро судебно-медицинской экспертизы, 9105 NW 25th Street, Doral, FL, 33172.
• ⁹ Лаборатория уголовных расследований армии США Центр судебной экспертизы обороны, 4930 Северная 31-я улица, Форест-Парк, Джорджия, 30297.

• PMID: 31985834
• DOI: 10.1111/1556-4029.14267

Эрика Л. Ромсос и др. J судебная медицина. 2020 май.

. 2020 май; 65 (3): 953-959.

дои: 10.1111/1556-4029. 14267. Epub 2020 27 января.

Авторы

Эрика Л. Ромсос ¹ , Джули Л. Френч ² , Марк Смит ³ , Винсент Фигарелли ³ , Фредерик Харран ⁴ , Гленн Вандегрифт ⁴ , Лилиана I Морено ⁵ , Томас Ф. Каллаган ⁵ , Джоани Брокато ⁶ , Джанаки Вайдьянатан ⁶ , Хуан С. Педросо ⁷ , Андреа Эми ⁷ , Стефани Стойлофф ⁸ , Виктор Х Морилло ⁸ , Карина Четырко ⁸ , Элизабет Д Джонсон ⁹ , Джессика де Тагиос ⁹ , Эшли Мюррей ⁹ , Питер М. Валлоне ¹

Принадлежности

• ¹ Группа прикладной генетики, Национальный институт стандартов и технологий, 100 Bureau Drive, Gaithersburg, MD, 20899-8314.
• ² Корпорация ANDE, 266 Second Avenue, Waltham, MA, 02451.
• ³ Департамент общественной безопасности Аризоны, 2102 West Encanto Blvd, Phoenix, AZ, 85009.
• ⁴ Полицейское управление городка Бенсалем, 2400 Byberry Road, Bensalem, PA, 19020.
• ⁵ Лаборатория Федерального бюро расследований, 2501 Investigation Parkway, Quantico, VA, 22135.
• ⁶ Криминальная лаборатория полиции штата Луизиана, 376 East Airport Drive, Baton Rouge, LA, 70806.
• ⁷ Департамент полиции Майами-Бич, 1100 Washington Ave, Miami Beach, FL, 33139.
• ⁸ Полиция Майами-Дейд, Бюро судебно-медицинской экспертизы, 9105 NW 25th Street, Doral, FL, 33172.
• ⁹ Лаборатория уголовных расследований армии США Центр судебной экспертизы обороны, 4930 Северная 31-я улица, Форест-Парк, Джорджия, 30297.

• PMID: 31985834
• DOI: 10.1111/1556-4029.14267

Абстрактный

В рамках экспресс-оценки зрелости ДНК в июле 2018 года были протестированы три имеющихся в продаже интегрированных экспресс-инструмента ДНК. Оценка проводилась с наборами слепых эталонных образцов из одного источника, предоставленных участникам для тестирования на индивидуальных экспресс-платформах в их лабораториях. Данные были возвращены в Национальный институт стандартов и технологий (NIST) для рассмотрения и анализа. Для оценки успеха генотипирования 20 основных STR-локусов комбинированной системы ДНК-индекса (CODIS) и полных профилей, созданных с помощью инструментов, были проведены как автоматический обзор, определенный ФБР (быстрый анализ ДНК), так и ручной обзор (модифицированный быстрый анализ ДНК) наборов данных. . Результаты генотипа, полученные с нескольких платформ, участвующих лабораторий и химических анализов STR-типирования, были объединены в единый анализ. Быстрый анализ ДНК дал 80% успешных результатов для полных профилей (85% для 20 основных локусов CODIS) при автоматическом анализе. Модифицированный экспресс-анализ ДНК привел к успеху в 9 случаях.0% как для основных локусов CODIS 20, так и для полных профилей (все попытки локусов по химическому составу). Анализ соотношений высоты пиков показал, что 95% всех гетерозиготных аллелей были выше 59% баланса гетерозигот. Что касается точности определения размера пары оснований, точность была ниже стандартного отклонения в 0,5 п.н. как для системы ANDE 6C, так и для RapidHIT 200.

Ключевые слова: АНДЕ 6С; ФлексПлекс; Глобальный файл; РапидХИТ 200; ID РапидХИТ; встроенное устройство; быстрая ДНК.

Опубликовано в 2020 г. Эта статья является работой правительства США и находится в открытом доступе в США.

Похожие статьи

• Проверка разработки экспресс-системы ДНК ANDE™ с анализом FlexPlex™ для обработки задержанных и эталонных буккальных мазков и поиска в базе данных.

  Карни С., Уитни С., Вайдьянатан Дж., Персик Р., Ноэль Ф., Валлоне П.М., Ромсос Э.Л., Тан Э. , Гровер Р., Туринган Р.С., Френч Д.Л., Селден РФ. Карни С. и др. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2019Май; 40:120-130. doi: 10.1016/j.fsigen.2019.02.016. Epub 2019 19 февраля. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2019. PMID: 30818156

• Проверка разработки системы ANDE 6C для быстрого анализа ДНК судебных дел и образцов DVI.

  Turingan RS, Tan E, Jiang H, Brown J, Estari Y, Krautz-Peterson G, Selden RF. Туринган Р.С. и др. J судебная медицина. 2020 июль; 65 (4): 1056-1071. дои: 10.1111/1556-4029.14286. Epub 2020 10 февраля. J судебная медицина. 2020. PMID: 32040208 Бесплатная статья ЧВК.

• Внутренняя проверка идентификационной системы RapidHIT ^® .

  Уайли Р., Сейдж К., ЛаРю Б. , Будоул Б. Уайли Р. и др. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2017 ноябрь;31:180-188. doi: 10.1016/j.fsigen.2017.09.011. Epub 2017 23 сентября. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2017. PMID: 261

• Биология и генетика новых аутосомных STR-локусов, полезных для судебно-медицинского анализа ДНК.

  Батлер Дж. М., Хилл Ч.Р. Батлер Дж. М. и соавт. Forensic Sci Rev. 2012 Jan; 24(1):15-26. Судебно-медицинская экспертиза, ред. 2012 г. PMID: 26231356 Рассмотрение.

• Генотипирование и интерпретация STR-ДНК: Низкая матрица, смеси и совпадения с базой данных — Двадцать лет исследований и разработок.

  Гилл П., Ханед Х., Блека О., Ханссон О., Дорум Г., Эгеланд Т. Гилл П. и др. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2015 Сен;18:100-17. doi: 10.1016/j.fsigen.2015.03.014. Epub 2015 27 марта. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet. 2015. PMID: 25866376 Рассмотрение.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

• Индивидуальная идентификация с помощью анализа коротких тандемных повторов и сбора вторичной информации с использованием анализа микробиома.

  Lee S, You H, Lee S, Lee Y, Kang HG, Sung HJ, Choi J, Hyun S. Ли С. и др. Гены (Базель). 2021 29 декабря; 13 (1): 85. doi: 10.3390/genes13010085. Гены (Базель). 2021. PMID: 35052425 Бесплатная статья ЧВК.

• Валидация прибора Applied Biosystems RapidHIT ID и картриджа для образцов ACE GlobalFiler Express.

  Cihlar JC, Kapema KB, Budowle B. Cihlar JC и др. Международная юридическая медицина. 2022 Январь; 136 (1): 13-41. дои: 10.1007/s00414-021-02722-9. Epub 2021 13 октября. Международная юридическая медицина. 2022. PMID: 34643802 Бесплатная статья ЧВК.

• Сравнительный анализ системы экспресс-анализа ДНК ANDE 6C и традиционных методов.

  Рагаццо М., Мельчиорри С., Манцо Л., Эррикьелло В., Пулери Г., Никастро Ф., Джардина Э. Рагаццо М. и др. Гены (Базель). 2020 22 мая; 11 (5): 582. doi: 10.3390/genes11050582. Гены (Базель). 2020. PMID: 32456006 Бесплатная статья ЧВК.

использованная литература

1. 1. Ромсос Э.Л., Валлоне П.М. Быстрая ПЦР маркеров STR: приложения для идентификации человека. Судебно-медицинская экспертиза Int Genet 2015; 18:90-9.
2. 1. Лаурин Н., Фрегео С. Оптимизация и проверка протокола быстрой амплификации для AmpFlSTR® Profiler Plus® для быстрой судебно-медицинской идентификации человека. Forensic Sci Int Genet 2012;6(1):47-57.
3. 1. Фостер А., Лаурин Н. Разработка быстрого протокола ПЦР, позволяющего быстро генерировать профили AmpFlSTR® Identifiler® для генотипирования ДНК человека. Инвест Генет 2012;3:6.
4. 1. Баттс Э.Л., Валлоне П.М. Протоколы быстрой ПЦР для криминалистического типирования ДНК на шести платформах термоциклирования. Электрофорез 2014;35(21-22):3053-61.
5. 1. Гиз Х.